دومین اختلاف : خوارج ، مرجئه و معتزله  
در اثناى جنگ صفین که میان امام على علیه السلام و معاویه در سالهاى 36 و 37 ق . درگرفت ، اختلافى در سپاه امام على علیه السلام رخ داد که مبداء پیدایش فرقه اى به نام خوارج گردید.
هر چند در آغاز به نظر مى رسید که خوارج صرفا فرقه اى سیاسى - نظامى هستند، اما در ادامه به یک فرقه اعتقادى - مذهبى تبدیل شدند. دلیل این تحول این بود که آنها سعى کردند تا کار خویش را توجیه دینى کنند. ماجرا از این قرار بود که سپاه معاویه پس از آنکه در آستانه شکست قرار گرفت ، به پیشنهاد عمروعاص قرآنها را بالاى نیزه ها برد و خواست تا قرآن را به حکمیت بپذیرد. امام ابتدا این پیشنهاد را حیله و نیرنگ دانست و آن را نپذیرفت ، اما با اصرار گروه زیادى از سپاه خویش و تهدید آنها به خروج بر امام ، به پذیرش حکمیت تن در داد و عبدالله بن عباس را به نمایندگى خود براى حکمیت معرفى کرد. اما همان گروه از سپاه امام نمایندگى ابن عباس را نپذیرفتند و ابوموسى اشعرى را معرفى کردند که باز امام مجبور به پذیرش ‍ سخن آنها شد و مقرر گردید نمایندگان دو طرف قرآن را بررسى کرده و نظر خود را درباره جنگ دو طرف بیان کنند و تا آن زمان آتش بس برقرار باشد. این مطالب در یک قرارداد تحریر شد و در ماه صفر سال 37 به امضاء طرفین رسید.
پس از امضاى قرارداد همان گروه از سپاه امام که او را وادار به پذیرش ‍ حکمیت و داورى ابوموسى اشعرى و قرارداد آتش بس کرده بودند، از امام خواستند تا قرارداد مذکور را نقض و به سپاه معاویه حمله کند. دلیل آنها این آیه قرآن بود که ((ان الحکم الا لله ؛ حکم و داورى تنها از آن خداست )) (انعام : 57).
آنان از این آیه چنین برداشت مى کردند که نباید به حکمیت انسانها گردن نهاد. امام در پاسخ به آنها فرمود: پذیرش حکمیت افراد به شرط آنکه حکمشان بر طبق قرآن باشد، حکمیت قرآن است . وانگهى شکستن عهد و پیمان به تصریح قرآن جایز نیست ، پیمانى که با اصرار خود شما بسته شده است .
عده اى از آنان سخنان امام را نپذیرفتند و گفتند: ما در پذیرش حکمیت و اجبار بر تو گناه کردیم اما هم اینک توبه مى کنیم و تو نیز باید اقرار به گناه کنى و توبه نمایى ، اینان سپس از لشکر امام جدا شدند و همراه سایر سپاه وارد کوفه نشدند و به حروراء در نزدیکى کوفه رفتند و آماده جنگ با امام شدند. سپس براى توجیه کار خود یعنى وجوب خروج بر امام بر حق گفتند: حکمیت انسانها گناه است و کسى که گناهى انجام دهد و توبه نکند، کافر خواهد شد و چون امر به معروف در همه مراحل حتى با جنگ مسلحانه ، بر همه مسلمانها واجب است ، پس جنگ با امام و سپاه او که به رغم آنها مرتکب گناه شده اند واجب است .
مهمترین اعتقاد خوارج این است که مرتکب کبیره کافر است . این اعتقاد هر چند در گام نخست براى توجیه خروج بر امام مسلمین به صورت ساده و ابتدایى ابراز شد، اما به تدریج دیگر خوارج با استدلال به آیات و احادیث رنگ کاملا کلامى و مذهبى بدان دادند و همین کار باعث شد تا خوارج به عنوان یک فرقه مذهبى درآیند.
همان گونه که دیدیم چندین اختلاف در پدید آمدن خوارج نقش داشت . اختلاف در مصلحت بودن پذیرش حکمیت یا مصلحت نبودن آن ، اختلاف در تعیین فرد برگزیده شده براى حکمیت ، اختلاف در عمل به عهد و پیمان یا نقض آن ، اختلاف در گناه بودن پذیرش حکمیت افراد یا جایز بودن آن ، اختلاف در اینکه مرتکب کبیره کافر است یا خیر، از جمله این اختلافها بود. اما از این میان ، تنها اختلاف اخیر یک اختلاف کاملا اعتقادى و کلامى بود و از این رو مشخصه اصلى خوارج به خصوص در زمانهاى بعد به شمار آمد. در واکنش به این نظریه خوارج ، گروهى اساسا نقش عمل صالح یا گناه را در ایمان منکر شدند و ایمان فردى همچون پیامبر خدا را با ایمان شخصى گناهکار یکسان دانستند؛ این گروه مرجئه نام گرفتند. واژه مرجئه از ریشه ارجاء به معناى تاءخیر گرفته شده است . این گروه را از آن رو مرجئه خوانده اند که عمل را از ایمان مؤ خر مى دانند.
جالب است بدانیم که فرقه معتزله نیز در واکنش به اختلاف خوارج و مرجئه پیرامون مساءله ایمان و کفر مرتکب کبیره ، شکل گرفت ؛ معتزلیان در این مساءله راهى میانه را برگزیدند. این مساءله در آغاز مبحث معتزله بیان خواهد شد.